我院成立于1956年，恢复重建于1978年，文革期间被撤消，检察权先后由县革命委员会、县公安局代行。1978年恢复建院，2015年12月29日，经国务院同意、国家民政部批准撤销马尔康县，设立马尔康市（县级），院名更改为马尔康市人民检察院。现设办公室、第一检察部、第二检察部、第三检察部和政治部5个部门。现有编制29名（含机关工勤3名）。实有政法专项编制干警24人，其中，少数民族干警15人；女性14人；硕士研究生2人；平均年龄43岁。

近年来，面临各项改革任务叠加，职能重大调整，院小人少和办案任务重的现状，马尔康市检察院更新理念，及时调整工作思路，抓班子带队伍、聚合力促发展，全院干警秉承“烈火淬金、信念不息”的精神，践行“远拓与深耕”，敢闯敢试，勇于拼搏，埋头苦干，无私奉献，各项检察业务工作均取得良好成绩。在保持原有省级文明单位、省基层院“四化”建设示范院、省级档案规范化管理一级单位等荣誉基础上，先后荣获全国先进基层检察院、全国检察机关检务保障工作表现突出集体、检察机关“法治进校园”全国巡讲活动表现突出单位；四川省脱贫攻坚“五个一”帮扶先进集体、四川省政法系统先进集体、四川省维护稳定工作先进集体、四川省检察系统先进集体（2016-2019年）；阿坝州检察系统集体三等功、阿坝州学法用法示范机关（单位）；马尔康市先进基层党组织、民族团结进步创建先进单位等荣誉称号。“格桑梅朵”青少年法治教育实践基地被命名为四川省第三批省级法治宣传教育基地、阿坝州第二批爱国主义教育基地。